Identification de néo-épitopes non conventionnels dans les tumeurs SMARCB1-déficientes

Les tumeurs rhabdoïdes, tumeurs agressives du nourrisson, sont un exemple paradigmatique de cancer « épigénétique » présentant un nombre remarquablement faible de mutations. Cependant, nous avons récemment démontré la présence d’un infiltrat immunitaire important dans une fraction de ces tumeurs, et plus précisément pu identifier des proliférations T clonales, révélant la présence d’antigènes tumoraux spécifiques, en dépit de l’absence de variant nucléotidique. Notre projet consiste à 1) prédire par des méthodes de bioinformatiques les néo-épitopes à l’origine de ces expansions clonales, 2) Détecter ces néo-épitopes par des techniques de spectrométrie de masse, et 3) valider le rôle de ces néo-épitopes dans des lignées cellulaires et dans des modèles murins de tumeurs rhabdoïdes. L’aboutissement de ces travaux pourrait mener à la mise en place de nouvelles stratégies thérapeutiques dans le traitement de ces tumeurs très agressives du jeune enfant.