L’analyse épigénétique à l’échelle du génome pour prédire la réponse et les toxicités des traitements par cellules CAR-T dans les lymphomes

Les CAR T-cell sont une thérapie cellulaire récente dont l’efficacité est largement démontrée dans les cancers hématologiques. Cependant, environ 60% des patients rechutent dans les 6 mois post-traitement. De plus, ces thérapies induisent des toxicités systémiques (syndrome de libération cytokinique) ou neurologiques (syndrome de neurotoxicité associée aux cellules immunitaires) pouvant mettre en péril la vie des patients. A ce jour, il est impossible de prédire, après une injection de CAR T-cell, quels patients vont répondre et/ou présenter une toxicité.
Avec plus de 230 patients atteints de lymphome B diffus à grandes cellules traités par CAR T-cells, le service d’hématologie de l’hôpital Lyon Sud est l’un des centres ayant traité le plus de patients en Europe avec cette thérapie. Dans ce projet, nous proposons d’étudier les profils épigénétiques pan-génomiques des cellules de plus de 100 patients traités CAR T-cell dirigées contre le CD19, collectés séquentiellement avant, puis après réinjection. Couplé à des analyses de stimulation in vitro et à des analyses d’analyses en cellule unique (singe cell), ce projet a pour objectif d’identifier une signature pronostique de l’efficacité et de la toxicité des CAR T-cell. Il s’agit d’un enjeu médical mais aussi économique majeur pour les années à venir, tant il est probable que la thérapie par CAR T-cell devienne demain un traitement majeur de la cancérologie dans son ensemble.